R は統計解析や視覚化などの機能を備えたプログラミング言語ないし統計解析環境である。統計解析の機能として、統計検定、線形回帰、時系列データ解析、クラスタリングなどがサポートされている。また、最新論文で発表されているような新しい手法も、R で実装されている場合が多い。特に、次世代シークエンサーに代表される分子生物学・バイオインフォマティクスの分野において R が使われる傾向がある。視覚化の機能として、ヒストグラム、棒グラフ、折れ線グラフ、散布図、樹形図やヒートマップなど基本的なグラフが標準でサポートされている。その他に、ggplot2 などのパッケージを使用することで、さらに高レベルな図を簡単に作図できるようになる。