生物統計学

R インストール

インストール

R をバイナリーコードからインストールする場合は以下のように行う。

デフォルトでは「/usr/local」にインストールされるが、ルート権限がない場合は、--prefix でインストール先を変更する。

# インストール先に移動（この例ではホームディレクトリとしている）
cd ~/

# ver 3.0.2 のソースファイルをダウンロード
wget http://cran.ism.ac.jp/src/base/R-3/R-3.0.2.tar.gz

# 解凍
tar xzvf R-3.2.0.tar.gz

# ディレクトリに移動します
cd R-3.2.0

# コンパイル、インストール
./configure --prefix=/home/username/R-3.2.0

configure が正しく実行された場合、最後には次のような情報がターミナル画面に出力されて終了する。以下の様な情報が出力されない場合、エラー文を読み、足りないライブラリーをインストールしてから再度やり直す。

R is now configured for x86_64-unknown-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /tools/R-devel

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++ 11 compiler:           g++  -std=c++11 -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:	      

  Interfaces supported:      X11
  External libraries:        readline, lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo
  Options enabled:           shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF, ICU
  Options not enabled:       memory profiling

  Recommended packages:      yes

以上のように表示されれば、ビルトとインストールを行う。

make
make install

libcairo のエラー

半透明な画像を作成する予定がある場合、Cairo 関連ライブラリーをインストールした後に R のインストールを行うと良い。ターミナル上で次のコマンドにより関連ライブラリーをインストールする。

sudo apt-get install libcairo2-dev
sudo apt-get install libxt-dev

RCurl 関連のエラー

R の RCurl パッケージを利用する予定がある場合、curl 関連ライブラリーをインストールする必要がある。ターミナル上で次のコマンドによりインストールを行う。

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev 
sudo apt-get install libcurl4-nss-dev 
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev

X11 関連のエラー

R をバイナリーからインストールするとき、configure を実行する際に --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available のところで止まる場合がある。

対処方法として、Mac ならば XQuartz をインストールしてから、ターミナルで次のようにシンボリックリンクを張ってから、再度 configure を実行すれば良い。

sudo ln -s /opt/X11/include/X11 /usr/local/include/X11

tcl/tk 関連のエラー

R のパッケージをインストールするとき、「Error : package ‘tcltk’ could not be loaded」となりパッケージのインストールができなくなる場合がある。また、tcltk あるいは tcltk2 パッケージを単独でインストールしようとすると、「error: Tcl/Tk support is not available on this system」となりインストールできない場合もある。このとき、R をソースコードから再インストールする必要がある。この際、configure を実行するとき、以下のようにオプションを付けて実行する。

./configure  --with-tcl-config=/usr/lib/tcl8.5/tclConfig.sh --with-tk-config=/usr/lib/tk8.5/tkConfig.sh

使用しているバージョンによっては tcl8.4 や tk8.4 となる場合がある。

フォント関連の警告

configure の実行終了後に「configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally」となる警告文を出力する場合がある。サイズがやや大きいが、拡張フォントのパックをインストールすればよい。（個別に inconsolata.sty をインストールしてもよい）

sudo apt-get install texlive-fonts-extra

フォント関連のエラー

R で画像を散布図を描くとき、以下のようなエラーが表示され、画像が描かれない場合がある。

Error in title(...) : 
  X11 font -adobe-helvetica-%s-%s-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*, face 5 at size 15 could not be loaded

詳しく覚えていないが、以下のパッケージを全部インストールしてから、再度 make を実行すればエラーが出なくなる。

sudo apt-get install ubuntu-restricted-extras
sudo apt-get install ttf-mscorefonts-installer
sudo apt-get install xauth
sudo apt-get install libcairo2-dev libgtk2.0-dev

遺伝研スパコンへのインストール時のエラー

遺伝研のスパコンにバージョン 3.5 以上の R をインストールするとき、以下のように bzip2 と lzma ライブラリーに関連するエラーが生じ、インストールできない場合がある。

checking if bzip2 version >= 1.0.6... no
checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required

checking if lzma version >= 5.0.3... no
configure: error: "liblzma library and headers are required"

checking if PCRE version >= 8.20, < 10.0 and has UTF-8 support... no
checking whether PCRE support suffices... configure: error: pcre >= 8.20 library and headers are required

checking if libcurl is version 7 and >= 7.22.0... no
configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

この場合、該当するプログラムをインストールすればよい。

# bzip2
wget http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar zxvfp bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make
make install PREFIX=/home/$USER/local

# xz
wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.4.tar.gz
tar xzvf xz-5.2.4.tar.gz
cd xz-5.2.4
./configure --prefix=/home/$USER/local
make
make install

# pcre
wget https://ftp.pcre.org/pub/pcre/pcre-8.42.tar.gz
tar xzvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
./configure --prefix=/home/$USER/local --enable-utf8
make
make install

# curl
wget https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz
tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz
cd curl-7.61.0
./configure --prefix=/home/$USER/local
make
make install

これらのプログラムをすべてインストールしたあとに、.bashrc ファイルに次の 2 行を追加して、再度 configure を実行すれば、正常に実行できるようになる。

export CPPFLAGS="-I/home/user_name/local/include"
export LDFLAGS="-L/home/user_name/local/lib"