R が起動すると自動的に .Rprofile ファイルが読み込まれる。毎回行っている作業（ディレクトリの移動やよく使うライブラリーの呼び出しなど）を .Rprofile に書き込むことによって、自動化される。Linux の場合は .Rprofile ファイルはユーザーのホームディレクトリに置かれる。Windows の場合はドキュメントの中に置かれる。

• Linux : 「/home/user/.Rprofile」
• Windows : 「C:\Users\user\Documents\.Rprofile」

以下は .Rprofile の一例。

# 作業ディレクトリを変更
setwd("/home/user/work/")


# R 起動時にライブラリーを自動ロード
library(ggplot2)
library(TCC)


# R を終了するためのショートカット
class(Q)=Q="no";print.no=q


# R パッケージのダウンロード元のミラーサイトを設定（東京に固定）
options(repos = structure(c(CRAN = "http://cran.ism.ac.jp/")))


# コンソール画面をクリア（Linux の clear コマンド）
clear <- function() cat(rep("\n",50)