複数の集合の関係を視覚化するとき、ベン図の他に UpSet プロットで描いた方がわかりやすい場合がある。UpSet は、R の UpSetR パッケージで描くことができる（Conway et al., 2017）。

ベン図を作成するとき、各集合の要素を、リスト型で与える。

library(UpSetR)

prot1 <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1SSO", "1H1J", "1RIY")
prot2 <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1T2K")
prot3 <- c("1SSO", "1H1J", "2KI2")
data <- list(A = prot1, B = prot2, C = prot3)

upset(fromList(data), order.by = "freq")