FDR を制御することによって補正を方法には、Benjamini-Hochberg 法 のほかに、Benjamini-Yekutieli 法などが提唱されている。Benjamini-Yekutieli 法では、Benjamini-Hochberg 法とほぼ同じ手順で補正することができる。両者の違いについては、Benjamini-Yekutieli 法の方で、閾値判断のときに、以下のように閾値にウェイト w（検定回数に依存する定数）がかかっている。

1. FDR を決める。ここでは α とする。
2. m 個の帰無仮説それぞれに対して検定を行い、p 値を計算する。
3. m 個の p 値を昇順に並べて p₁ ≤ p₂ ≤ ... ≤ p_m とする。ここで、帰無仮説 i に対応する p 値を p_i とする。
4. \(w = \sum_{k=1}^{m}\frac{1}{k}\) とおく。
5. j = m とおく。
6. \( p_{j} \le \frac{\alpha j w}{m} \) ならば、次に進む。そうでなければ、j = j - 1 として、この手順を繰り返す。ただし、j = 1 となったとき、どの帰無仮説も棄却せずに、終了する。
7. 帰無仮説 1、帰無仮説 2、・・・、帰無仮説 j を棄却して、終了する。

R による q-value の計算

R の p.adjust 関数を使って、Benjamini-Hochberg 法による補正を行うことができる。この関数を使用すると、p 値から q 値が計算される。仮説の棄却は、q < α を満たす仮説を棄却する。

p.values <- runif(100)
q.values <- p.adjust(p.values, method = "BY")

is.significant <- (q.values < 0.1)